یافتن نشانگرهای اختصاصی برای مانیتور سرطان
به گزارش نیچر، این روش، که توسط ویکتور ولکولسکو و ربکا لیری و همکارانشان از مرکز سرطان شناسی جانز هاپکینز در بالتیمور مریلند خلق شده، نشانگرهای زیستی اختصاصی برای هر بیمار تولید می‌کند که از تعیین توالی دی‌ان‌ای با بازدهی بالا استفاده می‌کند. تا کنون این تکنیک تنها برای اثبات مفهوم و بر روی 6 نوع تومور آزموده شده است، و قبل از اینکه بتوان به طور گسترده از آن استفاده کرد موانع لجستیکی وجود دارند که باید رفع شوند. ولی پژوهشگران این روش را؛ که به تازگی در ژورنال Science Translational Medicine گزارش شده است، نشانه‌ای از چیزهایی که می‌بینند که در راه هستند.
جو گری، که یک پژوهشگر سرطان در آزمایشگاه ملی لاورنس برکلی در کالیفرنیا است، به آینده این تکنیک خوشبین است. به عقیده او: «به نظر می‌رسد که این یک قدم هیجان انگیز به سوی درمان‌های شخصی شده است».
ردپای یک تومور
در سلول‌های تومور، ابزار معمولی
بازسازی دی‌ان‌ای از کار می‌افتند. و در نتیجه آن، یک نمای ژنتیک از یک
سلول سرطانی با سلول‌های سالم فرد متفاوت خواهد بود، و تمام بخش‌های
دی‌ان‌ای هم در داخل و هم بین کروموزوم‌ها تعویض می‌شوند.
در برخی از سرطان‌های خون و یا سلول‌های ایمنی نوآرایی‌هایی از خصوصیات وجود دارند که می‌توان از آنها برای مشاهده بیماری استفاده کرد. ولی به گفته فلیکس میتلمن، یک پژوهشگر سرطان در دانشگاه لاند سوئد، طراحی آزمایش‌هایی برای تومورهای جامد کار سختی بوده است. او می‌گوید که جدا کردن کروموزوم‌های آسیب ندیده از این تومورها به لحاظ تکنیکی چالش برانگیز است، و جای دقیق و نوع نوآرایی‌ها از فردی به فرد دیگر تفاوت دارند.
برای انجام این کار، ولکولسکو و همکارانش تقریبا 40 میلیون خوانده توالی ژنی با کیفیت را از هر یک از چهار سرطان راست روده و دو سرطان سینه تولید کردند. با مقایسه این خوانده‌ها با یک توالی ژنی انسانی مرجع، آنها قادر بودند تا مناطق چندگانه‌ای را که در هر سرطان آسیب می‌دیدند پیدا کنند.
گروه از این داده‌ها استفاده کرد تا یک آزمون را ابداع کند که اختصاصا مناطق بازآرایی شده را هدف بگیرد. تومورها دی‌ان‌ای را در داخل جریان خون جاری می‌کنند، و به دلیل اینکه تکنیک ابداع نشانگر زیستی از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز استفاده می‌کند تا مقادیر اندک دی‌ان‌ای را تقویت کند؛ به طور نظری می‌توان از آن حتی برای کشف تومورهای خیلی کوچک هم استفاده کرد.
برای آزمودن صحت و سقم آن، گروه از تست خود برای رهگیری پیشرفت یک سرطان کولون، قبل و بعد از جراحی برای برداشتن تومور استفاده کردند. آنها دریافتند که 127 روز بعد از جراحی، مقدار دی‌ان‌ای تومور به شدت کاهش یافته بود، ولی کاملا ناپدید نشده بود. این با یافته‌هایی که نشان می‌داد که برخی از سلول‌های سرطان هنوز در کبد بیمار باقی مانده بودند، سازگار بود.
آیا قیمت درست است؟
لیری و همکارانش توانستند
بازآرایی‌های چندگانه‌ای را در هر تومور بدون توسل به تعیین کامل توالی
ژنی پیدا کنند. با این حال، اعضای گروه تخمین می‌زنند که هزینه تعیین
توالی در حال حاضر به ازای هر نمونه تقریبا 5000 دلار باشد، به علاوه 500
دلار اضافه برای تحلیل داده‌ها و طراحی و آزمایش نشانگر زیستی.
لیری می‌گوید که این قیمت شاید امروز خیلی زیاد باشد، ولی هزینه تعیین توالی با شتاب زیادی در حال کاهش است. از سوی دیگر، او به این نکته اشاره می‌کند که تصویر برداری توموگرافی کامپیوتری (سی‌تی‌اسکن) به ازای هر اسکن تا 1500 دلار هزینه خواهد داشت، در حالی که نشانگرهای زیستی که تیم او ابداع کرده‌اند، تنها در در مرحله طراحی اولیه گران قیمت هستند؛ و آزمایش‌های بعدی با استفاده از یک نشانگر مشابه خیلی ارزان‌تر خواهد بود.
ولی با این وجود سخت‌ترین بخش این کار تعیین توالی ژنی نیست، بلکه طراحی و آزمایش نشانگرهای زیستی است. به گفته آرول چیناییان، یک سرطان شناس از دانشگاه میشیگان در آن آربور، هر نشانگر زیستی اختصاصی باید کاملا ارزیابی و اعتبار آن تایید شود پیش از اینکه بتوان از آن استفاده کرد. او می‌گوید: «هم اکنون ما قطعا فاصله خیلی زیادی از روزی داریم که بتوانیم از پس هزینه و تدارکات چنین درمان شخصی شده‌ای بر بیاییم. این یک پروژه تحقیقاتی کوچک برای هر بیمار خواهد بود».
